關于法藏在洛陽的政治活動，崔傳記載了兩件事。其一，神功元年(697)，契丹大舉寇掠內地，武則天一面派軍隊前往應戰，一面令法藏“依經教遏寇虐”。法藏上奏道：“若令摧伏怨敵，請約左道諸法。”所謂左道，是指巫蠱、方術、詛咒、祈禱鬼神等帶有迷信色彩的邪門旁道，由于危害政治，一直被嚴禁，但這次武則天允許實行。法藏于是沐浴更衣，建立道場，設置觀世音菩薩像，手持影子石佛珠，行道作法。幾天后，契丹軍隊看見的武周軍隊便成了“無數神王之眾”，又見“觀音之像浮空而至”，因而軍心大亂，被武周打敗。武則天下敕表彰法藏說：“醴酒流甘于陣塞，仙駕引纛于軍前。此神兵之掃除，蓋慈力之加被。”其二，神龍元年(705)初，武則天病重，宰相張柬之乘機發動政變，誅殺武則天的親信張易之、張昌宗兄弟，擁立唐中宗復位。法藏積極參預這次政變， “內弘法力，外贊皇猷。”形勢穩定后，中宗賞功，讓他連升三品。這對于一位不打算還俗的僧人來說，沒有什么實際意義，法藏因而再三謝絕，中宗遂轉賜其弟康寶藏。中宗還下詔表揚法藏道：“傳無盡之燈，光照暗境；揮智慧之劍，降伏魔怨。兇徒叛逆，預識機兆，誠懇自衷，每有陳奏，奸回既殄，功效居多。”

法藏在洛陽的宗教活動，主要表現為翻譯并研究佛經，以及進行佛教的宣傳教育活動。

《華嚴經》梵文原本據說有10萬偈。東晉時梵僧佛馱跋陀羅在華首次譯為中文，勒為60卷，稱為《六十華嚴》或《舊華嚴》《晉經》。該譯本不是足本，僅有二萬六干偈。武則天聽說于闐(今新疆和田)有梵文足本，很想弄到。于闐僧實叉難陀聞訊，攜梵本來洛陽，證圣元年(695)奉敕在大遍空寺翻譯，未畢而病故，由參預譯事的中外籍僧人繼續翻譯，法藏參預其中。崔傳說他“本資西胤，雅善法言，生寓東華，精詳漢字”，因而擔任筆受工作，發揮主要作用。四年后新譯在佛授記寺完成，勒為80卷，稱為《八十華嚴》或《新華嚴》。但仍不是足本，法藏補進前此與中天竺僧地婆訶羅在長安共譯出的部分內容，整理出一個較為完善的新本。 圣歷二年(699)10月8日新譯《華嚴經》告成，佛授記寺的僧人請法藏講經義，武則天下令當月15日開講。到臘月12日晚上，法藏講到《華藏世界品》的“海震動”說法時，突然發生強烈地震，講堂和寺院發出震吼之聲，聽眾數千從未見過這種情況。該寺僧人作為喜訊向武則天上疏匯報。按照古代的天人感應說，上天常常因朝政失誤而降生各種反常的自然現象來警告皇帝，這時，臣子可以直言不諱地批評皇帝，指摘時弊，皇帝也會下罪己詔向國人承認錯誤，同時減膳，錄囚，減免賦稅，施行仁政。這無疑是借助于老天爺的權威。對皇權進行某種程度的限制，使皇帝有所收斂，成為時政改弦更張的一個契機。《通鑒》卷203記載，垂拱二年(686)，武則天以皇太后的身份在洛陽臨朝稱制已經兩年多，雍州上報新豐縣(今陜西臨潼)東南涌出一山，武則天下令將縣名改為慶山。有人上疏說：“今陛下以女主處陽位，反易剛柔，故地氣塞隔，而山變為災。……宜側身修德，以答天譴，不然，殃禍至矣。”這次地震本來又是一個批評武則天的機會，但因為法藏講經的緣故，反倒被看作是吉兆瑞應。崔傳說：武則天對僧人的上疏御筆批答道：“開講之辰，感地動而標異。斯乃如來降祉，用符九會之文；豈朕庸虛，敢當六種之動!”

同時，武則天還命法藏為自己講解新譯《華嚴經》秉御賜法藏，華嚴宗義理極其深奧復雜，武則天聽后茫然不解，法藏就以宮殿前的金屬獅子為教具，撰寫《金獅子章》，來加以開導。這一直觀教學使艱深的義理變得徑捷易懂，武則天遂豁然開悟。

《金獅子章》不足1100字，卻囊括了華嚴宗的基本理論和判教說法，可謂有咫尺萬里之勢。所以這樣，除了法藏具備高度的概括能力以外，還由于他以實物為例，深入淺出，舍棄了很多論證過程。茲引證一例：為了說明色與空的關系，《金師子章·辨色空第二》就以金體比喻佛性——空，以獅子相比喻事物——色，說：“師子相虛，唯是真金。師子不有，金體不無，故名色空。又復空無自相，約色以明。不礙幻有，名為色空。”秘密隱顯俱成門是華嚴宗十玄門之一，以為事物有色和空兩重內容，人們看到假有的一面而看不到假有所體現的實有這一面，假有顯而實有隱；看到實有的一面而看不到假有的一面，實有顯而假有隱。雖然或隱或顯，但隱顯二相，俱時成就。

法藏很善于利用教具，由此及彼，由淺入深，進行直觀教育。為了說明事事無礙法門，即事物與事物之問圓融無礙的關系，他概括為因陀羅網境界門。他為武則天和那些理解力低的人準備了10面鏡子，安放于八方和上下，鏡面相對，距離一丈并點燃一支火炬，來照著中間安放的一尊佛像，于是每面鏡子中都重重疊疊地現出佛像，以及其它鏡子映現佛像的樣子。在場的人一下子都明白了這一佛教理論。《宋高僧傳·法藏傳》總結他以實物從事教學活動時指出：“藏之善巧化誘，皆此類也。”

不久，法藏遷至長安大崇福寺當寺主。據清人徐松《唐兩京城坊考》卷4記載，長安曾有三所崇福寺。敦義坊東北隅有隋代的靈覺寺，唐初廢，乾封二年(667)，皇后武則天為其姐賀蘭氏復立為崇福寺，但儀鳳二年(677)即改名為福田寺，玄宗初廢。義寧坊南門東邊有隋代的真寂寺，唐初改名為化度寺，但直到大中六年(852)才改為崇福寺。顯然，這兩所崇福寺都不是法藏當寺主的寺院。他所在的崇福寺位于休祥坊東北隅，即當年武則天舍宅而立的太原寺，載初元年(689)改稱為崇福寺，由武則天親筆賜寫飛白體寺額。因此，該寺可以看作是在長安的武周皇家寺院，選中法藏當寺主，無疑體現了武則天對他的信任和垂青。

長安四年(704)臘月，法藏供奉于洛陽內道場，建置華嚴法會。他向武則天談起自己年青時曾煉指供養岐州法門寺舍利塔，是珍藏阿育王所提供佛舍利的勝地，于是武則天下令前往法門寺迎舍利。她這時82歲，身體已經不行，一月以后病情即惡化，想借助于法藏，乞靈于佛教，以求延年益壽。法藏到了今陜西扶風縣，在塔前行道七晝夜，請出舍利，于除夕迎至大崇福寺，次年正月 11日送至洛陽，并且送還先前為 武則天講《金師子章》時御賜給他的、倭進獻的云海石108粒念珠，希望借以云海石祈福武則天病愈。11日送回洛陽時武則天下令王公百官和洛陽的善男信女，都制做精美華貴的幡華幢蓋，由太常寺演奏莊嚴的樂曲，將舍利迎至明堂。正月15日，武則天“身心護凈，頭面盡虔”，請法藏捧持舍利，“普為善禱”。10個月后，武則天在洛陽上陽宮去世。隨著李唐政權的恢復，長安再度成為政治中心，法藏也就永遠地離開了洛陽，在長安從事活動，繼續受著幾代皇帝的高度尊崇。