紹興四年(1134年)，遷駕部郎官。是年春，蘇、湖地震，旱魃為虐，百姓流離失所，而朝廷又無力安撫，洪應詔進疏，其言擊中朝廷紀綱之失，終為奸相秦檜等人所憎。未幾，起知廣德軍(安徽)。赴任伊始，救荒革弊，率百姓建坡鑿塘600余處。自此，旱情頓緩，百姓對其備加稱贊。其后，洪擢提江東刑獄，知真州。在任時，為陳旉《農書》作后序。時真州為宋、金交兵沖要之地，瘡痍滿目，百業皆廢。洪興祖數次請奏減免民租，招撫難民，并動員百姓墾辟荒地7萬余畝，以濟災苦，洪興祖此舉，遭同朝怨屬嫉恨。不久，他便徙知饒州。

紹興二十四年(1154年)，洪因為已故龍圖閣學士程瑀《論語解》撰序，不意序言多涉怨望，引起滿朝非議。右正言王珉上言詆誣洪，云：“故龍圖閣學士程瑀，本質妄庸，見識凡下，輒取先圣問答之書，肆為臆說。洪興祖則為文以冠其首，則鏤版以廣其傳，朋比之惡，蓋極于此。”并惡言中傷洪興祖云：“興祖天資陰險，趨向不正，傾心附之，結為死黨，如不痛懲，恐為亂階。伏望圣斷，將興祖編置遠方，以御魑魅。”時，秦檜柄權當國，諫官多出檜門，爭相彈劾賢良以競獻媚之能事，朝中有望者，無不屏之遠走。對王珉之言，亦竟無一人相責。洪興祖素與秦檜言事不諧，曾與秦檜論：“乾坤”三封，秦檜言：“陰凝于陽必戰。”洪興祖不畏強權，奮起而斥：“陰終不可勝陽，猶臣終不可勝君；嫌于無陰，惡夫行己者。”秦檜以為嘲己，擊案大怒。因此對洪興祖恨之入骨，千方百計欲置于死地。同年十二月，洪興祖編管昭州(廣西平樂縣)。次年八月，洪興祖憂郁而卒。時年66歲。墓葬丹陽里莊竹塘村，后追贈敷文閣學士。