肇為政清明，廣施仁政，惜民力，明賞罰，敢于直諫。工詩善文。詠物詩詞親切感人；文多闡發儒學經義，溫潤有法，婉約典雅，其文一出，時人爭抄。亦工書法。

南豐曾氏為耕讀世家。自鞏之祖父致堯于太平興國八年（983）舉進士起，77年間曾家出了進士19位。進士中，致堯輩7人，其子易占輩6人，其孫鞏輩6人。此外，鞏之妹婿王安國、王補之、王彥深等一批人亦皆進士。披閱《建昌府志》、《南豐縣志》及諸曾著作如鞏之《元豐類稿》，我們不能不被該家族的儒學底蘊、文化積淀與苦學精神所震驚。曾鞏進士同年蘇軾、蘇轍贈詩稱：“儒術遠追齊稷下，文詞近比漢京西”，非虛言也。

曾肇治平四年（1067）中進士，初為黃巖縣主簿、鄭州教授，后調崇文閣校書、館閣校勘兼國子監直講、太常寺同知。到崇文院后對秦漢以來的禮儀之規增補修正，使其完善，同時刪定《九域志》，得到宋神宗嘉許，調國史館編修，進吏部郎中，改右司，為《神宗實錄》檢討。元祐初（1086），任起居舍人，不久為中書舍人。多次諫言朝廷應辯邪正，少宴樂，因意見不合，辭給事中職，以寶文閣待制知潁州（今安徽阜陽），調知鄧州（今河南鄧縣）、齊州（今濟南）、陳州（今河南淮陽）及應天府（今南京）。元祐七年，調為吏部侍郎，又因有關祭祀一事，改刑部，出知徐州、江寧府。

元祐八年（1093）十月，宋哲宗繼位，起用一些舊臣，召曾肇入朝。曾肇建議選用忠信端良之士，防止近臣參政，遭貴戚攻擊，出知瀛州（今河北河間）。紹圣四年（1097），前史官范祖禹等在修撰神宗《實錄》時有譏訕言語，被降罪。曾肇參與修撰，亦被降調滁州。后復為集賢殿修撰，出知泰州、海州（今連云港市）。

元符三年（1100）正月，宋徽宗即位。曾肇復為中書舍人，上疏建議廣開言路，昭雪元祐黨人，改任翰林學士兼侍讀，掌管起草詔令。時有諫官陳灌、給事中龔原以言獲罪，無人敢救，曾肇挺身而出，極力進行辯解。建中靖國元年（1101），因兄布在相位，避嫌拜龍圖閣學士，提舉中太一宮。出知陳州，再任太原、應天府、揚州、定州（今湖北麻城）地方長官。修《哲宗實錄》、《神宗寶訓》、《國朝會要》，提舉中太一宮。后出知陳、揚、定、岳、和州，歷太原、應天府。

崇寧元年（1102），元祐期間的士大夫再度遭貶，曾肇亦被放逐到和州（今安徽和縣）、岳州（今湖南岳陽），再貶到濮州（今山東鄄城）為團練副使，最后到汀州。四年，得以歸。

大觀元年（1107）卒于鎮江。

事英、神、哲、徽四朝，共40余年，踐14州，任吏、戶、刑、禮四部侍郎，兩為中書舍人。卒后30余年才被追封為曲阜縣開國侯，贈少師，紹興初謚“文昭”。明王世貞謂其書“如玉環擁（“九”加“重”），自是太平人物”。