康熙十二年（1673年），正當俞益謨回到家鄉“后選”之時，鎮守云南的平西王吳三桂，舉兵叛清自稱“周王”。陜西提督王輔臣、固原道陳彭等同時宣布反清，與吳三桂南北遙相呼應。一時間，陜甘許多重要城池被反清軍攻占，清朝在西北的統治岌岌可危。此時寧夏兵將大多調征四川，“留者什之一二，人情惶迫，眾議紛紜。”俞益謨在康熙十四年（1675年），西北大局動搖的關鍵時刻，參加到寧夏總兵官陳福部下。在平定寧夏兵變的勘亂中表現忠勇，事平論功“授柳樹澗堡守備，”成為清軍一名下級軍官。陳福死后，清廷任命天津總兵官趙良棟到寧夏處理善后，首任寧夏提督。康熙十九年（1680年），寧夏和整個西北大局平定以后，清廷命趙良棟率部入川對吳三桂叛軍作戰，俞益謨隨趙從征。又因英勇善戰，屢立戰功，被破格賞“加一十七等，授左都督，管達州游擊事”，并“攝順慶郡篆”。康熙二十六年（1687年）升任廣西郁林參將，三十一年（1692年）再升兩江督標中軍副將。

康熙三十四年（1695年），北方蒙古準噶爾部叛亂首領噶爾丹，再次舉兵南犯，寧夏地區成為征討噶爾丹的軍事前沿陣地和軍需、兵源的補給基地，一時間各路大軍云集寧夏。這年冬季，康熙皇帝召見了俞益謨，賞賜“五爪龍袍、龍緞”，命他回寧夏參加征討噶爾丹軍事行動。他在寧夏參予辦理一段糧運之后，就率部擔當征討噶爾丹大軍的前鋒，在殺敵戰斗中屢屢建功。三十五年（1696年）春，被康熙再次召見，升任大同鎮總兵官。次年春，康熙皇帝親征噶爾丹，在赴寧夏閱兵途中，路過大同和四十一年（1702年）二月，康熙巡視山西五臺縣射虎川時，又兩次受到召見。康熙皇帝前后賞他很多御用珍品，還親筆仿米芾和趙孟頫的字體，給他題書“焜耀虎符”四個大字。在當朝文武大臣中，享受如此“頻頻寵渥，浩蕩難名”，可算榮殊恩極了。四十二年（1703年）正月，湖廣提督林本植所部標兵嘩變，朝廷“以俞益謨為湖廣提督”，授權“提督湖廣全省軍務，統轄漢土官兵，兼軍衛土司，控制苗彝，節制各鎮總兵官，左都督加六級。”他只帶領少數親信官兵，馳驛湖南，“僅半月，馳抵武陵，鎮定嘩卒，”妥善處理完兵變善后事宜。同年八月，又撫平“紅苗作亂”事件。在湖南任間，曾“多所建白，皆合戎政機宜。其談兵料敵，言無不應。趙勇略、王奮威諸宿將，并稱其能。”甚至當時“廷臣眾薦，才兼文武，堪應總督之任”。康熙四十八年（1709年）九月，他與湖南巡撫趙申喬發生矛盾，撫督相互參劾。康熙皇帝對于兩位鎮撫封疆大員的失和攻訐十分生氣，認為“有乖大體”，一怒之下，將二人都停職審查。令湖廣總督郭世隆負責查辦，派吏部尚書蕭永藻、都察院左副御史王度昭參加會審。查辦的結果是：雙方“所參俱實”。康熙皇帝對二人同時給予處分：“俞益謨著休致，趙申喬著革職留任”。俞益謨回到寧夏廣武家中，成為一名老百姓。在此期間，他一邊讀書，一邊整修水利、舉辦義學、主修鄉志等，成了名傳千古的歷史人物。在明代以前，整個寧夏，因歷史沿革變幻不定、戰亂頻繁及史志人員匱乏等諸多原因，也一直沒有自己的地方專志，更別說廣武營這個既非郡亦非縣的軍事堡寨了。但俞益謨撰修的《康熙朔方廣武志》。卻是寧夏古代唯一的一部地方鄉志，深為世人稱道。《康熙朔方廣武志》翔實地反映了廣武的地理風貌和屯田戍守的特點，也對俞氏一門的“文武功德”有詳盡的記述，成為我們了解寧夏古代文化、經濟、政治等方面極有價值的史料之一。

康熙五十二年（1713年）三月，康熙皇帝為了隆重慶賀自己的60大壽，詔諭全國，已60歲以上的獲罪受到處分的官員，凡能來京祝壽者，俱著恢復原品，賜御宴。俞益謨便放下自己的60壽慶不做，即時趕赴北京去給皇上賀壽。他在京又一次受到康熙的召見，并向皇上“呈進方物”。康熙不僅開恩賜還了他的頂戴，還顧念他過去的功勞，又加封了榮祿大夫一品散官榮銜。俞妻張氏，亦被賜封為一品夫人。他的曾祖父俞大河、曾祖母曹氏；祖父俞天義、祖母張氏；父親俞君輔、母親趙氏等，都被追封榮祿大夫和一品夫人。俞家頓時滿門生輝，光照塞上。但是，樂極生悲，就在大慶當日，俞益謨參加完賀壽典禮之后，回到寓所等待賜御宴之時，因連日勞累和興奮而猝逝于館舍。享年60歲。歸葬于寧夏廣武營城西南3里的蔭子山。

俞益謨“平生不蓄私囊”，有“樂施樂育之義”，熱心于家鄉的公益事業，“瞻顧鄰里鄉黨，浚渠設塾，在在有記”。其中以整修水利、舉辦義學和主修鄉志等三件大事為代表為家鄉做了3件好事。

廣武鄉人民為了紀念這位為家鄉帶來驕傲和幫助的名人，特在城中建立牌坊，上有康熙皇帝御書欽賜的“焜耀虎符”四個大字。還在牛首山專為他修建一座“青銅君祠”。