二十三年，授禮部侍郎，督安徽學政，調吏部，又調倉場。二十八年，命偕定郡王載銓籌辦長蘆鹽務，清查天津倉庫，疏陳：“蘆鹽積累，各商憚於承運，懸岸至四十馀處。請將河南二十四州縣仿淮南例改票鹽，先課后引。直隸二十四州縣限半年招商招販，無商販即責成州縣領運，或由鹽政遴員官運。支銷浮費及官役陋規，永遠裁汰。每年應完帑利，灘及通綱額引，與正課一律徵收。其協濟補欠充公等項加價名目，概行革除。并於各引鹽加斤免課，每斤準其減價敵私。”詔依議行。

二十九年，偕大學士耆英赴浙江閱兵，并清查倉庫，籌辦鹽務。途經東河、南河，查詢節浮費、裁冗員事宜，奏減東河正款二十萬兩，裁泉河通判、歸河通判，南河每年用款以三百萬兩為率，減省五六十萬兩，并揚運通判於江防廳，改為江運同知，裁丹陽縣丞、靈壁主簿、呂梁洪巡檢，從之。耆英病留清江浦，芝昌獨赴浙江，疏陳變通鹽務章程七事：杭、嘉、紹三所引鹽，分別加斤，止令完交正課；松所引鹽，酌裁科則；虛懸口岸，選商接辦，并籌款收鹽；緝私責成官商，由運司審覈；緝獲私鹽，分別充賞，及補課作正配銷；禁革引地陋規；覈裁巡驗浮費。尋查州縣倉庫，統計實虧之數，多至三百九十馀萬，請將虧數最多之員，革職，勒追；不足，則由原任上司按成分賠，或由本省各官分成提補；其有欠在胥吏者，尤嚴補追，毋任幸免：并從之。授山西巡撫，未一月，召署吏部侍郎，命在軍機大臣上行走。尋授戶部侍郎。三十年，擢左都御史。

咸豐元年，出為閩浙總督。艇匪在浙洋劫掠山東兵船，被剿遁閩洋，遣水師截擊，賊眾畏罪投誠，分別安置。二年，兼署福州將軍。疏請停罷捐納舉人、附生之例；又奏禁鹽商代銷官運，以杜取巧：并從之。尋以疾乞休。

芝昌以文字受宣宗特達之知，嘗曰：“汝為文，行所無事，譬之於射，五矢無一失。”及查辦長蘆、兩浙鹽務稱旨，遂驟進膺樞務。甫數月，宣宗崩，文宗猶欲用之，畀以外任。未一歲，謝職歸。久之，卒於家，未予恤典。光緒初，署閩浙總督文煜奏陳政績，追謚文敏。子念詒，道光三十年進士，官編修。孫邦楨，同治十二年進士，官至福建布政使。