高登十一歲喪父，母親勉力供其求學。他讀書勤奮，為潛心鉆研《易經》，深居梁山，結廬白石庵。二十歲時，他入太學，與太學生陳東、張元千、徐揆等結為至交。

公元1125年(宣和七年)，金兵進犯京師，高登與陳東等聯名上書，請誅蔡京、王黼、童貫、梁師成、李彥、朱勔等人，此事得到朝中不少大臣響應。

公元1126年(靖康元年)，李邦彥、張邦昌等大臣，主張全部接受金兵提出的議和條件，尚書右丞兼東京留守李綱極力反對，積極贊成姚平仲夜劫金營的建議。不料劫營風聲走漏，姚軍反為金兵擊敗。事后，李綱被罷黜。二月四日，高登與陳東在宣德門上書，請求罷去李邦彥太宰職，再用李綱，城外軍事交給種師道。京城軍民聽說太學生上書，主動趕來聲援，一時數萬人匯集于宣德門，打死宦官數十人，開封府尹王時雍急忙調遣數萬騎兵，準備捕太學生入獄，欲行鎮壓。高登與陳東等十位太學生屹立人前不動。欽宗怕出事，迫不得已宣布再用李綱。

之后，吳敏、張邦昌繼李邦彥任相，吳敏極力開脫李邦彥的罪責，力圖再用李邦彥。高登憤然上書，指出李邦彥罪大惡極，不可再用，如若聽從吳敏所請，“天下之人將以陛下為不明之君，人心自此離矣。”翌日，他又再次上書，請罷吳敏、張邦昌，逐王時雍。為此他接一連寫了五本奏章，但都得不到答復，只好作南歸的打算。不久，忽然聽到意外的消息，朝中有旨，張邦昌、李邦彥都調離京城，出居遠郡，趙野、李棁、王孝迪等小人也相繼被罷斥。高登十分高興，認為已是可以傾腹盡言的時候了，又振筆直書，提出吳敏、王時雍也應罷斥，黃琮、楊次山、祖秀實等人應重用。高登在奏章之中，力褒忠良，怒斥奸邪，以國家興亡為念，提出強國、強兵、強民的良策，直諫皇帝昏庸的危險，力排和議，力主“內修政事，外攘夷狄”，但都未被采納。

當金兵進逼京城之時，國子監六館諸生都很恐懼，打算逃跑。高登慨然與林邁等請隨駕，入隸于聶山軍帳中。等到金兵退走后，居心叵測的吳敏卻唆使學官虛構罪名，誣陷高登，使高登負冤被摒斥回鄉。

公元1132年(紹興二年)，高登雖人在家鄉，仍念念不忘國事，振筆寫了十條政見，上呈朝廷。那時，呂頤浩、秦檜任左右相，高登的政見，仍得不到采用，在廷對時，高登極意盡言，毫無隱諱，考官不滿其正直忠諫，先任他為下州文學，后來又改任廣西富川主簿，都是小官職。廣西憲司董棻知道高登是不可多得的人材，派他負責桂林六郡司法工作兼賀州學官。高登到任，便切切實實地為當地學宮辦了好事。本來，學宮有田地，有房屋，后來，太守變賣學田去買馬。高登據理力爭，要求退回學田。太守問：“賣馬和培養人才，哪一項急要？”高登義正詞嚴回答，學校是禮義之地，是培養人才的地方，當然比買馬更重要。太守說：“你敢對抗上級長官！”高登毫不怯讓地認為：“治理國家，就靠禮與法，兩樣都不要，哪還談得上什么！”太守抗辯不過，只好退回學田。

任期滿時，當地屬官和百姓都懇求將高登留任，而無結果，就暗暗籌集五十萬金，托郡守轉贈高登。他們對太守說：“高君為官清廉，離去官職之后，恐怕清貧難度，請太守勸他接受我們的心意。”高登堅持不收。把這筆錢交由太守買書贈給學宮。為此，高登寫了《辭饋金》一詩：“可取無取未傷廉，每念易污惟皓皓，不如買書惠泮宮，聊助賢侯采芹藻。”途經廣東，廣東轉運使連南夫留他主持新會縣的賑災工作，他為民秉公辦賑，使數以萬計的災民免餓死。當地的老百姓感戴萬分，也紛紛請求讓高登留任。

公元1138年(紹興八年)，他奉命到政事堂接受審察。政事堂是議論和審查政務的處所。高登在這里寫上了萬言的奏疏和《時議》六篇——《蔽主》、《蠹國》、《害民》各二篇。他在《時議》序文中寫道：“方今賢才未用，有蔽主者焉，二府多具位之臣，盈廷多罔上之議，作《蔽主》上下二篇。財用未足，有蠹國者焉，太倉給冗食之兵，良田膳游手之民，作《蠹國》上下二篇。兆庶未寧，有害民者焉，冗官起貪殘之念，募役長戕賊之奸，作《害民》上下二篇。”高宗看后，覺得言之有理。不料秦檜看到了文中抨擊自己的劣跡，懷恨在心，棄置《時議》不理。兩個月后，高登被降為靜江府古縣縣令。

在古縣任職期間，高登秉公處事，疾惡如仇。古縣有個大富豪，名叫秦琥，在鄉里橫行霸道，號稱“秦大蟲”。高登上任時，秦大蟲有意迎合高登，倡議搬遷學館。高登初以為他有改惡從善之意，給他補學官之缺，并逐漸誘導他重新做人，誰知秦琥并非真心從善。有一次，秦琥有所托付，欲通關節，高登辭卻了。秦琥散布惡言中傷高登。恰好秦琥被人揭發挪用學錢之罪，高登當面申斥。秦琥非但毫無認罪之意，而且當場放肆咆哮。高登毫不容情地繩之以法，秦琥羞忿而死。

因權相秦檜的父親曾經在古縣當過縣令，廣西經略胡舜陟想為秦父建祠堂，高登拒絕道：“秦檜當宰相胡作非為，此祠不可建！”胡舜陟大怒，調別人來代理高登職務，高登也因母病請假離職。之后，胡舜陟便平平順順地建起了秦祠，還親自寫記。反過來，他又提秦琥事，誣陷高登專殺之罪。朝廷下詔捕捉高登入靜江府獄。此時，高登母親病死在船中，高登途中草草為母收埋，又急急乘船北上，上書請求辭官回鄉贖罪。高宗覺得其情可憫，而秦檜卻心狠手辣，欲置于死地而后快。這時，高登有個舊友，當了右侍郎，當面對高登說：“丞相(即秦檜)說過，只要你拜見拜見丞相，你終身就不愁什么了。否則，你老是上書也沒有用。”高登凜然答道：“我只知有君父，不知有權臣。”之后，秦檜奏稱：“按舊法規，沒有辭官贖罪例，要維持原詔，關入靜江府獄。高登早已看透了秦檜在朝舞權弄柄的險惡本質，當回家葬母料理喪事完畢便坦然登程入靜江獄。

高登昭雪出獄后，在歸途之中，廣漕司鄭鬲、趙不棄留他在歸善縣代理縣令。那年秋季，高登為試院出考題，高登便摘經史要語命題，叫考生直言時弊，指摘閩、浙水災的根源。曾任宰相被貶到潮州的趙鼎，見高登如此剛正耿直，不畏權貴，十分敬佩，并與他長談終日。不料，此事被郡守李仲文馳報秦檜，秦檜震怒，連同前事加罪，取了特旨，把高登編管容州(除去名籍，貶到廣西容州入軍籍監管)。鄭鬲、趙不棄也受株連降職候處。同時，還將這件事通報南方諸省，以為考官警戒。

高登在容州，平日種蔬菜，栽竹木，毫不介意，但一聽到有關國家、朝廷的政事，即使是小小錯失，也常常蹙額發愁；如若聽到朝廷計策上的重大失誤，甚至慟哭不止。

容州地方窮僻，一聽到太學生出身的高登謫居在此，數百人拿著經書來拜他為師，聽他講課。高登也樂以忘憂，一見到有那么多人前來從師，十分高興地悉心為他們講學論道。

公元1159年(紹興二十九年)，高登久病，病況日益沉重。當他自感身體難以康復時，曾作了一篇《埋銘》，內中寫道：“耳聵目昏，顏凋發禿，有兒歸葬，蟠山之麓。”八月十三日，高登病逝，享年五十六。著述《家論》、《忠辨》等篇，有《東溪集》數卷。

公元1169年(乾道五年)，當時任簽書樞密院事的梁克家，在中書省刑房找出紹興二十六年朝廷下給高登的赦書。公元1172年(乾道八年)，受任為右丞相的梁克家援引赦書上奏宋孝宗，請求撤銷編管高登于容州的文書。公元1191年(紹熙二年)，當時任漳州知府的朱熹，又上書宋光宗(見宋熹《乞褒錄高登狀》)，重新提起為高登昭雪事，光宗下詔書，寫道：“故容州編管人高登追復原官，仍贈承務郎。”同年，福建安撫使、福州知府趙汝愚批準建高東溪祠，朱熹撰寫了《高東溪先生祠記》，祠建成之后，先后寫了《謁高東溪祠文》、《又謁高東溪祠文》，還題寫一副對聯：“獲鹿感魚千秋稱孝子，朋東仇檜萬古識忠臣。”和兩通橫額：“忠孝兩全”，“百世師表”。