陳恭尹“修髯偉貌，氣局深沉”，其父陳邦彥為明末嶺南抗清主力，與陳子壯、張家玉一起，被尊為“嶺南三忠”。隆武二年（1646）清軍陷廣州，其父陳邦彥舉兵抗清，兵敗被俘，被清軍寸磔于市，全家除陳恭尹僥幸逃走外均同時遇難。喪親之痛，延續到陳恭尹晚年，仍無法釋懷。他晚號“獨漉子”，取自古樂府：“獨漉獨漉，水深泥觸。……父冤不報，欲活何為！”南明時，陳恭尹進朝泣陳其父為國殉難情狀，永歷帝授以世襲錦衣衛指揮僉事之職。

其父陳邦彥是明末清初廣東抗清斗爭的發起人之一，也是一位享有聲譽的宿儒。他自小受父親的思想影響頗深，并在父親的指教下攻讀詩書，擅長寫詩作賦。永歷元年（1647），他的父親于戰敗后被清軍俘獲并處死，全家除陳恭尹僥幸逃走外均同時遇難。其后，他為報家仇而參加反清斗爭，并往返于福建、浙江、江蘇等地聯系抗清的各地義軍。永歷十二年（1658），他赴云貴一帶欲投奔南明永歷帝，未遇，遂返回增城定居。至永歷十六年（1662），南明永歷帝被清廷俘獲處死，陳恭尹中止了聯絡反清志士的活動，潛居家鄉專致讀書達十幾年之久。其間，與名詩人屈大均結交甚深，并一度與平南王尚可喜有詩詞唱酬的交往。永歷三十二年（1678），因與尚可喜有舊交而被指涉嫌參與“三藩之亂”遭官府逮捕下獄。被關押半年后始出獄，定居在廣州城南。自此后他的意志較消沉，移志于詩詞歌賦的創作，與友人結成詩社相互唱和，被時人稱為“嶺南七子”。陳恭尹的詩尤擅七律詩。他的詩大多以感懷身世，矢志抗清、反映民疾及描述嶺南風物為主題。晚年雖多與清廷權貴唱酬，但始終不肯出任新朝的官職。他為其居所取名“獨漉堂”，以暗喻家仇未報，匡復之志未滅之意。他的隸書書法為清初獨步廣東的第一人。遺著有《獨漉堂集》。

南明亡后，陳恭尹定居廣州，與友人何衡、何絳、陶窳、梁梿相與砥礪名節，發憤讀書，世稱“北田五子”。 后“三藩之亂”爆發，屈大均從吳軍于桂。陳恭尹與屈相交甚深，又“以名重為時所指目”，永歷三十二年（1678），陳恭尹被捕下獄，關押二百日后始得解脫。從此心懷畏懼，壯志漸消，避跡隱居，自稱“羅浮布衣”。晚年寄情詩酒，曾與清廷權貴唱酬，曾被梁梿當面叱問“何事而仆仆走風塵？”又被譏諷“可憐一代夷齊志，錯認侯門是首陽”。但陳恭尹并非改弦更張，他終其一生仍不仕清。馮奉初在其傳記中解釋，與權貴唱酬是陳求自保之策：“及得脫，自念身歷滄桑，恐終不為世所容，乃筑室羊城之南，以詩文自娛；貴人有折節下交者，無不禮接。“于是冠蓋往來，人人得其歡心。議者或疑其前后易轍，不知其避禍既深，跡彌近而心彌苦矣。” 這也是為什么陳恭尹之前自號“半峰”，表示初老山林的志向，晚年把號改為“獨漉”，身世之痛反而隱含更深。晚年，陳恭尹在廣州育賢坊建小禺山舍，以遺民身份終老。清康熙三十九年（1700），病逝于廣州，葬于市郊祥云嶺南麓。