蒲宗孟還參加過給皇帝修起居注和修國史的工作，后又升為翰林學士兼待讀。翰林學士負責為皇帝起草詔書，待讀是給皇帝講學的，都是非常接近皇帝的職務。有一天，神宗對蒲宗孟說："翰林學士的職務很清高，又很接近君主，不是其他官員能比的。"于是賞賜蒲宗孟官服上佩戴金魚。學士在官服上佩戴金魚，是從薄宗孟開始的。在蒲宗孟任翰林學士兼待讀期間，樞密都承旨張誠一很放肆專橫。他的地位在學士之上，更加接近皇帝和經常參與重大政事。他經常假借皇帝有什么旨意來威脅其他官員，蒲宗孟覺察到這一點，就到皇帝跟前問皇上究竟有沒有這些旨意，結果都是假的。皇上從這件事看出了蒲宗孟這個人剛正不阿，于是加封他為尚書左丞，后來，又升遷他為資政殿學士。

蒲宗孟晚年，出任過豪州、杭州、鄆州知府。鄆州在今山東，靠近梁山泊，歷來多強盜。蒲宗孟到了那里，嚴厲打擊盜匪，終于把盜匪治理得差不多了。但是，蒲宗孟的措施也太殘忍了一些，即使是一些小偷小摸的人，只要被抓住了，也要將其腳筋割斷，而且有時候并沒有把情況完全弄清楚，冤枉好人的時候也是有的。因此，史書上批評他"為政慘酷"。

蒲宗孟最后任河中知府，到任后不久就病死在任上。蒲宗孟與北宋理學家周敦頤友善，將其妹許與周敦頤為妻。

蒲宗孟善于讀書，學問也是很高的。他經常告誡子弟："寒可無衣，饑可無食，書不可一日無。"他著有文集50卷，奏議20卷，今己失傳。他還在家鄉修了一座"清風樓"專門藏書，供后人誦讀，這是南部縣最早的私人圖書館。

蒲宗孟初為官時，任觀察推官，后調入朝中任著作郎，在館閣中校正文書、檔案，制定各種制度。不久又到集賢殿校勘整理書籍。

那時，朝廷在專管財賦的三司新設置了一個官職，叫賬司，這是財政部門一個重職務，待遇很豐厚而權勢也很重。許多人都想得到這個職務，于是不少人到處鉆營，拉關系，行賄賂，蒲宗孟卻好像不知道有這回事似的。可是執掌三司的大臣把任命的意見報告皇上后，皇上卻下旨把這個職務授與了蒲宗孟。蒲宗孟在任這個職務期間，曾被皇上派往湖南一帶的荊湖北路、荊湖南路察訪民情。蒲宗孟到了那里，了解到那里連年遭受災害，收成很差，人民的生活非常困苦，特別是辰州、沅州的情況更為嚴重。于是蒲宗孟將災情迅速上奏朝廷，并申請免去辰州、沅州的役錢和荊湖南路的丁賦。朝廷批準了他的申請，那里的人民才松了一口氣。

當時王安石進行改革，推行新法。蒲宗孟積極支持王安石的革新運動，并參與制定了"手實法"。這項新法的內容是：國家把百姓的家產分為五等，每等都規定了具體的標準。老百姓根據自己的田地、房屋、牲畜、貨物等申報自己應占的等級，然后根據財產等級確定應該交納的賦稅。這一來，貧窮的人家就可以少交一些賦稅，富豪人家就要多交賦稅。富豪們如果隱匿自己的財產，允許群眾檢舉揭發。這種新法，對窮苦百姓是有好處的。

有一次，神宗皇帝和身邊的大臣談論政事時，感嘆人才缺乏。蒲宗孟說："現在的人才很難得，而已有的人才，又被司馬光邪說毀掉了一半。"蒲宗孟這樣說，可是神宗皇帝卻不以蒲宗孟的話為然。