26歲入太學，深得楊時的器重。

徽宗當政時，在開封建艮岳，令各地進貢奇花怪石放置其中供賞玩，宋宣和元年（1119年），鄧肅呈《花石詩十一章并序》批評那些借獻“花石綱”以營私利的阿諛奉承之徒是“飽食官吏不深思，務求新巧日孳孳”。詩中還寫道“但愿君王安百姓，圃中無日不東風”。當朝權臣見詩大怒，將鄧肅逐出太學，貶回故里。鄧肅義無反顧，揮筆寫下“填海我如精衛，擋車人笑螳螂。六合群黎有補，一身萬段何妨”的詩句，表現了崇高的氣節。

靖康元年(1126年)，在復職后的李綱的舉薦下，宋欽宗于便毆召見鄧肅，賜以進士出身，補承務郎，并授以鴻臚寺主簿之職。同年十二月，鄧肅奉命押送金兵勒索的道釋版籍前往金營，被扣為人質，在金營的50余天，鄧肅毫無奴顏媚骨，鎮定自如，借機察看敵營，了解軍情。

靖康二年(公元1127年)三月，金兵滅北宋，立楚國，扶張邦昌為傀儡皇帝，原北宋朝廷大臣中賣身求榮、加官進爵者不乏其人。鄧肅不為利祿所動，“不食楚粟，饑餓殆不能行，萬死一生”奔赴宋高宗趙構行營(《栟櫚文集·奏札子》)，表現了堅定的民族氣節，被擢為左正言。

面對二帝被俘、山河淪陷的局面，目睹金兵圍京之際一些朝廷“重臣”的失節行為，以及高宗朝廷甘守半壁江山、不思收復失土的投降政策，鄧肅根據在金營的所見所聞，分析了宋、金雙方的實力和勝敗的原因，大呼“金人不足畏”，極力主戰，并主張嚴懲失節的朝臣，獎勵有功之臣，裁撤平庸之才。他憂國憂君，激憤時曾在3月之內上疏20余道奏議，就連曾在欽宗面前舉薦過他的耿南仲也因“沮渡河之戰，遏勤王之兵”而受到彈劾。宋高宗嘉獎他“論事正當，甚可取。”賜給五品服，鄧肅因此聲名大作。

南宋建炎元年(公元1127年)八月十一日，高宗聽信讒言，將居相位僅75天的李綱再度罷免，太學生陳東，布衣歐陽澈等為保李綱被斬首。鄧肅并未因此而退卻，他義無反顧，于當月二十一日再上《論留李綱疏》，明言“綱學雖正而術疏，謀雖深而機淺”，所以，既不足以副高宗“眷注之誠”，又無法周旋于高宗左右的寵臣之間。奏折中還引用宋高宗起用李綱時說“李綱真以身殉國者”的話，含蓄地批評高宗出爾反爾的行為，強調“李綱于此亦不可謂無一日之長也”。

《論留李綱疏》觸怒了高宗。建炎元年(1127年)十月，鄧肅被免去左正言之職，謫貶回鄉。

鄧肅為官清廉，兩袖清風，回鄉后又遇土匪作亂，一家八口人四處躲避，缺衣少食。他在詩中寫道：“十年游宦落窮山，妾無衣帛日號寒”；“天宇如許大，八口無處藏。空山四十日。畫餅誑饑腸”；“詹成炊飯以搏沙，牛革薦甘真嚼鐵……余不供僧僧供余，是事顛倒古所無”。窮困潦倒的生活由此可見。即使在這種狀況下，他仍寫下“逐客難參國士憂，客枕曾無一夕安”的詩句，表達了憂國憂民的義士本色。

紹興二年(1132年)五月，鄧肅攜母避亂于福唐(今福清)，五月初九病逝，年僅42歲，歸葬于鄧墩，有《栟櫚文集》25卷傳世。