施閏章于明神宗萬歷四十六年十一月二十一日（1619年1月6日）出生于江南名邑寧國府宣城雙溪，其家為“一門鄒魯”的理學世家。祖父、父親都是理學家。閏章自幼父母早逝，養于祖母，事叔父如父。受業復社名士沈壽民，博覽經史，勤學強記，工詩詞古文學。少年即有文名，曾去北京，與宋琬、嚴沆、丁澎、張譙明、趙錦帆、周茂元等以詩相和，時稱“燕臺七子”。與邑人高詠生主持東南詩壇數十年，時稱“宣城體”。施常與同曹唱和，一詩脫稿，爭相傳誦。

順治三年(1646年)中舉，順治六年(1649年)進士，授刑部主事，奉使桂林，歷員外郎，刑部尚書稱贊他“引經折獄，平反者盈十百，而大憝者終無幸者。” 順治十三年（1656年），參加高等御試，名列第一，遂擢山東提學僉事，取士“崇雅黜浮”，有“冰鑒”之譽，當時“四方名士”慕其名而“負笈問業者無虛日”，“閏章一一應之，不少倦”，“士以此益歸其門”。任上曾錄取蒲松齡為童子試第一名，又修葺孟廟、閔子廟、伏生祠墓等。在濟南居官五年，對濟南風物多所題詠。

順治十八年（1661年），調任江西布政司參議，分守湖西道，轄臨江、吉安、袁州三府。當時湖西地區天災人禍，盜賊蜂起，民不聊生。施閏章一到任上，即往民間了解民情，發現農民無力交糧，被逼為盜，他作《勸民急公歌》、《湖西行》等詩，進行勸導。他還遍歷湖西的崇山峻嶺，低谷大川訪問民間疾苦，作《大阬嘆》、《竹源阬》等詩，反映民間生活狀況，希望省撫大吏引起重視。他在《大阬嘆》中寫道：“殺人稅無出，遲回傷我心……宿甫既累歲，敲骨力難任。民頑實吏拙，素食慚官箴。”他在《竹源阬》中寫道：“煢煢數寡婦，零落依孤村。兇年艱半藪，撮土招游魂。”這些詩真實反映了民間疾苦，代表人民的呼聲，受到當地人民的愛戴。他在任上十分注重民風教化，在袁州重建昌黎書院，在吉安修葺白鷺書院，親自講學，主張“以存誠立教。”由于一系列惠政，百姓尊稱他為“施佛子”。康熙六年（1667年），清廷裁撤道使，被罷官。湖西地方父老鄉親多次聯名挽留不允，于是地方集資創設龍岡書院，以紀念他的德政。 及至告別之日，“父老夾道焚香，泣送數十里”。

施閏章歸鄉閑居十年，一心服侍叔父施譽終老，無意仕途，每遇朝廷征召，稱病不就。康熙十八年（1679年）朝廷開博學鴻儒科，他仍稱病不應。還是其叔一再勸說，他才離家北上，經過考核，名列二等第四名，授翰林院侍講，纂修《明史》。康熙二十年（1681年），任河南鄉試正考官，二十二年（1683年）轉侍讀，并作《太宗圣訓》的纂修官，1683年閏六月十三日（8月5日）病逝于京邸。